Bij het vechten tegen een vijand, zullen de formaties die door beide partijen gebruikt worden een cruciale rol spelen in de uitkomst van de strijd. Chronicles of Merlin biedt 8 gevechtsformaties voor jouw om toe te passen en elke formatie heeft zijn eigen unieke sterke en zwakke punten. Jouw Helden kunnen overal worden geplaatst binnen een formatie, dus zorg ervoor dat je hem in een positie plaats waar zijn vermogen het beste gebruikt kan worden.
Elke keer als je een gevecht aangaat, verbruik je 1 vaandel. Maar je verkrijgt een vaandel elk uur. Er is een rust periode na elk gevecht waarin je geen ander gevecht kunt aangaan. Vaandels (bvb. Mijn, Onderwerpen, Boerderij, Aanval en Veltocht aan de bovenkant van je scherm) worden bijgevuld elke dag om 08.30, 12.30 en 19.00 uur. Wanneer jij jouw Stadhuis opwaardeert zul je een extra Vaandel ontvangen. Vaandels kunnen ook gekocht worden met behulp van Goud wanneer de speler VIP 4 of hoger bereikt. Vaandelrust: Net als bij de bouwrust zal de duur ervan toenemen naarmate de speler meer gevechten aangaat. Alle Rusttijden worden elke dag verwijderd om 05.00.